クロチョウガイは、複数の色素を持つと言われており、貝殻を観察すると赤系と緑系のものがあります（図１）。
図１ 緑系のクロチョウガイ貝殻（左）と赤褐色系貝殻（右）
各々の貝殻を切断し、厚みを0.5ｍｍ程度に削り観察すると、色素の存在が確認できます（図２）。
図２ 緑系クロチョウガイ貝殻の断面（上）と赤褐色系貝殻の断面（下）
この複数の色素が重なると、減法混色となり実際に見える色は黒色に近づいていきます。
真珠の場合も同様です。クロチョウ真珠（図３）を切断し、0.5ｍｍ程度の厚さにして観察すると、様々な色が見えてきます（図４）。このとき、核に近い層が、養殖初期、表面に近い方が養殖後期です。
図３ クロチョウ真珠
図４ 図３の真珠の断面とその拡大
上：断面全体、下：一部拡大
これらの色素の濃淡に加えて干渉色が現れるため、クロチョウ真珠には様々な色が存在します（図５）。
図５ 様々な色のクロチョウ真珠
